Apabila dinaikkan pangkat menjadi Mejar Jeneral, Nishimura dilantik menjadi Panglima pasukan Tentera Jepun yang menakluki Indochina Perancis. Dalam tahun 1941, Nishimura menjadi Panglima Briged Bebas Ke-21 sebelum menjadi Panglima Divisyen Pengawal Imperial Jepun.

Pasukan Divisyen Pengawal Imperial Jepun terlibat dalam tragedi kejam Pembunuhan beramai-ramai di Parit Sulong dalam bulan Januari 1942. Dalam kejadian ini, pasukan dari Divisyen Pengawal Imperial Jepun telah membunuh 155 orang askar Australia, British dan India yang tercedera dan telah ditinggalkan oleh rakan-rakan mereka yang berundur (mengikut Perjanjian Geneva mereka ini dikira hors de combat dan patut diberikan perlindungan dan bantuan perubatan).

Selepas Tentera British menyerah kalah, Nishimura bertanggungjawab mengawasi bahagian timur Pulau Singapura. Semasa ini, Pembunuhan beramai--ramai Sook Ching pula berlaku, juga dilakukan oleh unit-unit dari Divisyen Pengawal Imperial Jepun. Nishimura bersara dari perkhidmatan tentera dalam tahun 1942.

Dalam tahun 1944, Nishimura dilantik menjadi Gabenor Sumatra sehinggalah tamat perang.